Su fundación data del siglo XIII, con el nombre de Aldeanueva (Aldea Nueva, o Aldea Nueva de Medellín).

En la España Romana hubo cerca de Villanueva de la Serena un poblado llamado Portículus, de situación elevada y formado por un pequeño puerto, que venía a ser entrada y camino de la Serena. Portículus significaba puerta y puerto, llave, entrada y paso. Y en realidad lo era, desde Lusitania a la Beturia. Se han encontrado algunos restos Arqueológicos, entre ellos una lápida con la inscripción: ”P.TALIUS:Q.F.PAP.LEG.X/HIC SITUS.EST."

Como precedente directo del núcleo que conocemos hoy, aparece Vesci, establecida en el siglo I d.c. El Marqués Torres Cabrera en su libro; Páginas de Extremadura: Villanueva de la Serena (1900), lo afirma y aporta el hallazgo de diversos testimonios arqueológicos y epigráficos. Noticia que también recoge Muñon Gallardo enApuntes para la historia de Villanueva de la Serena. Otros autores, como Ortiz de Thovar, que atribuyen a la localidad un origen más antiguo, pues se remontan a la época de los túrdulos, noticia que recoge Bernabé Moreno de Vargas en Historia de Mérida.

En 1303 el núcleo fue cedido por Fernando IV a la Orden de Alcántara para su repoblación, bajo el nombre de Aldeanueva de los Freyres. En1389 aparece por primera vez con su nombre actual, lo cual podría indicar la concesión del rango de Villa. En 1504 se instalaba en ella el Priorato de la Orden trasladado desde Magacela. Desde esa época la población luce en su escudo el lema que la señala como Puerta de la Serena. A finales del siglo XVI y comienzos del XVII, con una población de unos 3.500 habitantes, se convirtió en el pueblo más importante de la comunidad de Villa y Tierra de Magacela. Junto con Siruela, fue la sede de las reuniones de la Mesta, distinguiéndose a partir del siglo XVII como uno de los centros más florecientes de la región. En el XIX (1856) recibió de Isabel II el título de Ciudad, al mismo tiempo que Don Benito.

A la caída del Antiguo Régimen la localidad se constituye en municipio constitucional en la región de Extremadura. Desde1834 es cabecera y sede del Partido judicial de Villanueva de la Serena. En el censo de 1842 contaba con 1997 hogares y 7296 vecinos.

Durante la guerra civil, Villanueva fue leal a la República, cayendo en poder del bando sublevado en julio de 1938 y sufriendo entonces los republicanos una violenta represión por parte de las fuerzas franquistas, cuyas consecuencias aún perduran dado que no se han hallado los cuerpos de los republicanos fusilados y enterrados en algún paraje desconocido próximo a la localidad de Medellín. Anteriormente y desde el alzamiento militar, hasta la entrada de las tropas nacionales en Villanueva, fueron asesinadas más de 50 personas por sus ideas conservadoras por los leales a la República.

Recientemente el libro La patata en España. Historia y agroecología del tubérculo andino escrito por Javier López Linaje, del Centro de Ciencias Humanas y Sociales del CSIC, sitúa el origen de la tortilla española en la localidad extremeña de Villanueva de la Serena (Badajoz). El citado libro contiene datos concretos que hablan de la tortilla de patatas en esta localidad unos veinte años antes de las primeras menciones en la leyenda tradicional, si bien estas informaciones están actualmente siendo estudiadas por diversos científicos e historiadores tanto locales como nacionales.

La Casa de la Tercia

Su nombre es debido a su función de almacén de granos recaudados de los tributos que abonaban todos los vecinos a la Orden.

Edificio de gran importancia histórica ubicado en la calle Pizarro (antigua Judería). Construido en 1310, era el domicilio de algunas personalidades de la Orden de Alcántara. Se instaló en ella la Mesa Maestral. "De Villanueva de la Serena salió la voz qué había de contribuir eficazmente a la pacificación de Castilla". El día 17 de marzo de 1313 se reunieron los Comendadores y Maestres de las diferentes Órdenes, acordaron unirse para defender los derechos de Alfonso XI.

Se trata de un edificio de dos pisos con fábrica de mampostería encalada y piedra, con portada granítica adintelada en el bajo y tres ventanas con sus rejas en el alto. En la actualidad se encuentra en estado de ruina.

Durante el siglo XVII la contaduría corrió a cargo de los banqueros Fugger (conocidos como Fúcares), se les concedió el asiento del Maestrazgo a cambio de las sumas proporcionadas a las arcas reales, exhaustas con los gastos de la elección imperial y las guerras.

La Casa Consistorial

El Concejo, Justicia y Regidores de Villanueva solicitaron y obtuvieron del rey Felipe II, con fecha 25 de agosto de 1575, licencia para construir el Ayuntamiento y los edificios necesarios al Concejo. Obtuvieron asimismo licencia para tomar del censo a cantidad de 250.000 maravedís, para edificar la Casa, incluyendo "pósito para el trigo, cárcel y Audiencia, por no haber en dicha villa, lo que debía haber”

La obra fue concluida parcialmente en 1583, según reza en el escudo de entrada de la Casa de Austria. Sin duda es el edificio más representativo de la ciudad, y una de las Casas Consistoriales de mejor traza de la región.

En la zona baja se abren tres amplios arcos de medio punto, sobre columnas jónicas, configurando un atrio porticado. En el piso superior se dispone de una balconada corrida, con cinco ventanas adinteladas de sobrio enmarque granítico. En el coronamiento en forma de frontón se aloja el escudo de la Villa y una inscripción señalando el año de 1583 "siendo gobernador el señor licenciado Duarte de Laguna".

La Plaza de España

Era un ensanchamiento del camino ganadero de la trashumancia a su paso por la población. Los soportales, construidos para protección de vecinos y de los antiguos puestos del mercado, no aparecen hasta 1781 con la decadencia de la Mesta. Las miles de cabezas de ganado, que componían los rebaños de la Mesta, atravesaban la población entrando por la Puerta de la Villa y saliendo por la otra puerta de la muralla.

La plaza de Villanueva recibió su actual denominación de Plaza de España el 2 de noviembre de 1938

En 1896 concluía la edificación de portales en el lateral que va desde el Ayuntamiento hasta la calle de Santa María de Guadalupe y finalmente se terminaron los que aparecen frente a la Casa Consistorial en su último tramo al iniciarse la década de los años cincuenta.

La Casa de los Bolos

Con esta denominación se conoce en Villanueva un edificio situado en la calle Zurbarán junto al parque central. Su terminación coincidió con el primer cuarto de nuestro siglo. Consta de dos plantas y torreón; mirador de madera con decoraciones de azulejos, al igual que la cornisa, y en el torreón, un ajimez cuyo alfiz enmarca el blasón de los Reyes Católicos en cerámica policromada. Zócalo de sillares de cantería almohadillados.

Distribuidos por la fachada de la planta alta destacan los bolos esféricos de granito que dan nombre a la mansión. Sobre al arco de la puerta principal, las armas de los Fernández de la Vega. Las artísticas rejas de hierro se forjaron en Villanueva y las maderas, antiguas, fueron traídas ex profeso de diversas procedencias.

El palacio fue construido por el maestro de obras villanovense Don Juan Santos Sánchez, por iniciativa y siguiendo las directrices de su propietario Don Ricardo Guisado Casillas.

La Jabonera

Denominación popular de la Fábrica de Jabones propiedad de Don José Gallardo, único exponente en la ciudad de la arquitectura industrial del siglo XIX. Esta impresionante casa de estilo ecléctico, además de ser la más floreciente industria del entorno, dando empleo a casi un centenar de personas, fue la primera vivienda particular que contó con ascensor y calefacción en la localidad.

Posee también claras influencias de la arquitectura del hierro, tan característica del arte industrial decimonónico. El edificio se compone de casa de tres plantas, sótano y azotea, y un conjunto de naves industriales. Al exterior, una valla de hierro rodea el perímetro. La fachada se presenta adintelada y surcada de vanos enmarcados por un friso de motivos vegetales.

Las ventanas de la primera planta se protegen con rica rejería forjada. En la segunda destaca un mirador con visera. Para romper la horizontalidad del edificio, la fachada se remata con un gran rectángulo con decoración de angelitos en relieve, flanqueado por dos rectángulos más pequeños a los lados.

Castillo de la Encomienda

Tras la conquista de Trujillo en 1232 por Fernando III, el monarca, acompañado por los caballeros de Alcántara y por el obispo de Plasencia, penetra en la comarca de La Serena reconquistando algunas fortalezas islámicas. Don Arias Pérez rendiría y echaría por tierra el castillo musulmán de Mojáfar, construyéndose después este nuevo castillo, sobre el mismo emplazamiento o en un lugar próximo, el cual ha conservado hasta nuestros días el nombre de Castilnovo que define sus orígenes.

Lo más antiguo de la fortaleza parece datar del siglo XIV. Emplazada sobre un cerro al norte del río Guadiana. Se constituye con un cuerpo principal en cuyo flanco meridional sobresalen una torre prismática y otra cilíndrica, comunicadas entre sí y con los adarves mediante un sistema de andenes y escaleras que potencia y garantiza su seguridad y permite una fácil defensa; circundándose todo con una barbacana reforzada también con algunos cubos.

En los últimos años del siglo XV se añadió otro cuerpo a modo de barbacana en el lado meridional, como continuación de la primera barrera, configurado en forma de recinto rectangular con cubos cilíndricos en sus dos esquinas. Quedó entonces en el interior el baluarte citado, permitiendo la creación de un patio de armas en cuyos flancos se construirán varias dependencias residenciales y pecuarias durante la segunda mitad del siglo XVI. 

Casa tradicional Villanovense

El patrimonio civil se complementa con la vivienda tradicional de principios del siglo XX. Predominaban dos tipos de construcciones: medias casas y casas enteras, diferenciándose por la ubicación de dependencias a uno o ambos lados del pasillo.

El adobe secado al sol o en hornos era el material constructivo para paredes y suelo. Para la techumbre se empleaban palos y cañizos.

La estructura de la viviendas se configuraba en dos alturas. La parte inferior de dos, tres o cuatro naves, contaba con un pasillo realizado con chinatos, denominado vereda o caño de casa. En la primera nave se situaban sala y dormitorio, en la segunda cocina y dormitorio y en la última la bodega. El fondo de la vivienda lo ocupaban el patio y las cuadras. La segunda altura se destinaba a "doblao".